江南大学商学院目前拥有系统科学与管理自主招生二级学科博士点，应用经济学、管理科学与工程、工商管理学3个一级学科硕士点，工商管理MBA、工程管理（MEM，含工业工程与管理、物流工程与管理）、金融、会计、国际商务5个专业学位硕士点，其中全日制研究生专业（领域）9个，在校全日制研究生规模达到468人。学院现有博士生导师18人，硕士生导师93人。
学院历来重视研究生培养质量，不断完善研究生培养机制，采取课程学习与科学研究相结合、课内教学与课外实践相结合的教学模式，旨在培养宽口径、厚基础、强理论、重创新，具有宽广的学术视角和独立从事科学研究能力的研究型人才。
系统科学与管理博士生培养目标：
本学科培养从事系统工程方面的各类专门人才，培养学生在自动控制理论、系统工程、模式识别、系统评估与优化等方面掌握坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，具有科学严谨和求真务实的学习态度和工作作风，具有独立从事本学科科学理论研究和解决工程技术问题能力，具有组织科学研究、技术开发与专业教学的能力，熟悉本学科最新研究成果和发展动态，能够熟练运用一门外语进行学术论文写作和交流，具有创新精神与能力、较高学术水平和从事科学研究、教学、管理等工作能力的高层次专门人才。
各学科硕士生培养目标：
管理科学与工程：培养具有良好的政治思想和道德素质，严谨求实的科学态度和创新意识，具有可持续发展理念以及商业伦理道德;掌握现代管理理论和方法，具有比较全面专业素养、良好知识结构、独立工作能力和较强创新能力，适应经济发展需要的高层次管理人才。
应用经济学：培养具有良好的政治思想和道德素质，严谨求实的科学态度和创新意识；具有国际视野；掌握现代应用经济学理论和方法；具有比较全面专业素养、良好知识结构、独立工作能力和创新能力；具有良好的职业道德素质，能在经济领域从事研究和教学工作或在实务部门工作的高级复合型人才。
工商管理：本学科致力于培养全面发展、具有较高管理素质、良好知识结构、较强管理能力和国际化视野的高层次复合型管理人才。毕业生能够胜任企事业单位、政府部门等高层次管理、咨询、教学和科学研究工作。
物流工程与管理：培养掌握物流工程专业领域坚实的基础理论、技术方法和宽广的专业知识、具有较强的解决实际问题的能力，能够承担物流系统工程专业技术和管理工作、具有良好的职业素养的高层次应用型专门人才。
工业工程与管理：培养系统掌握工业工程与管理理论知识、研究方法与工具，能够承担生产系统和服务系统中工业工程与管理工作，具有对复杂生产系统、服务系统进行分析、规划、设计、管理和运作能力和系统思维的高层次应用型专门人才。
金融硕士：本专业以立德树人为根本任务，着力培养德智体美劳全面发展，具有扎实的经济学、金融学及管理学理论基础和金融大数据分析能力，品德优良、专业深厚、视野开阔、富有创新和进取精神，具有较强的从事金融实际工作和相关领域工作能力的高层次、应用型金融硕士专业人才。
会计：以“厚植江南工商文化、立足中国管理实践、培养创新人才、引领行业发展”为办学理念，秉承“笃学明道、经业济世”院训精神，以立德树人为根本任务，着力培养具有扎实的管理学、经济学、会计学理论基础和智能财务大数据分析应用能力，品德优良、专业扎实、视野开阔、富有创新和进取精神，具有从事会计、财务、审计等相关领域工作能力的高层次、应用型国际化会计专门人才。
国际商务：本专业培养适应经济全球化需要，胜任在政府部门、涉外企事业单位和社会团体等从事国际商务运营与管理工作，具备良好商业道德，通晓现代商务理论，熟悉数字贸易等新业态，掌握国际商务技能，具有精湛外语水平和跨文化交流能力的创新型、应用型、复合型高素质商务专门人才。
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